Die SektVO regelt die Vergabe von Bau-, Liefer- und Dienstleistungsaufträgen im Bereich des Verkehrs, der Trinkwasserversorgung und der Energieversorgung durch Sektorenauftraggeber (zum Beispiel kommunale Versorgungswirtschaft). Dies können neben öffentlichen Auftraggebern auch private Unternehmen sein (zum Beispiel Stadtwerke). Hierzu stellt die SektVO ein entsprechend flexibles Regelwerk zur Verfügung.
Der Aufbau der Sektorenverordnung entspricht in weiten Teilen dem der Vergabeverordnung, trägt aber den Besonderheiten des Sektorenbereichs Rechnung. Ein Teil der Normen ist daher identisch mit denen der Vergabeverordnung, das gilt insbesondere für die Regelungen zur elektronischen Kommunikation sowie zur Zuschlagserteilung.
Andere Regelungsbereiche unterscheiden sich deutlich. So regelt die Sektorenverordnung zum Beispiel auch die Antragsverfahren für Tätigkeiten, die unmittelbar dem Wettbewerb ausgesetzt sind. Die Regelungen zur Wahl der Verfahrensarten unterscheiden sich ebenfalls. Weitere Unterschiede bestehen bei den Anforderungen an die Unternehmen; das gilt insbesondere für die Qualifizierungssysteme.
Ein ganz wesentlicher struktureller Unterschied zur Vergabeverordnung ergibt sich aus der Tatsache, dass die Sektorenverordnung in ihrer Gesamtheit für alle Arten von Leistungen gilt, also auch für Bauleistungen.